Testa bakterienivån och komposition i akvariet

[OR20]

Baserat på de tre sekvenseringarna så ser vi att det finns ett visst överlapp mellan de två produkterna freån Microbelift medan det inte finns något överlapp mellan de två tillverkarna. En intressant observation är att Special blend inte innehåller de bakterier som lyfts i produktbladet som de huvudsakliga bakterierna som gör att Special blend fungerar. Vi ser också att de två bakterier som utgör de två största till antal är Xanthobacteraceae och Petrotogaceae. I sig behöver det inte vara fel men det är en intressant observation…… Givet bristen på data från leverantörerna och verifierad effekt av att tillsätta dessa produkter så ser jag en överhängande risk till kreativitet i hur dessa produkter säljs och marknadsförs. Vissa skulle kanske till och med kalla dem för ”snake oil produkter”.

[Claes_A]

Kul att du gör detta och att DNA-sekvensieringstjänster har funnits på marknaden för hobbyändamål några år. Hade helt missat det.

 

Jag har ju detta som en del av jobbet och måste säga att jag är rejält skeptiskt till behovet av bakterier på flaska. Särskilt i etablerade akvarier. Visst kan jag tänka mig att det i teorin kan vara värdefullt de första dagarna/veckorna i ett akvarium innan alla ytor har täckts av en mer stabil biofilm. Men att sen lyckas påverka den där biofilmen i ett förutsägbart och positivt sätt för akariets invånare. Jag tror inte på att det är möjligt.

 

Sen har jag aldrig förstått det där med att köpa bakterier på flaska. Levande sten är ju en betydligt större ympning och eftersom den ofta nyligen har genomgått en massdöd (från transporten) och där sett en puls ammoniak, nitrit och nitrat så är den ju primad med bakterier som metaboliserar de molekylerna. Och sannolikt med stammar som finns i korallrev vilket ju kan vara lämpligt. Bakterierna på flaska brukar vara isolerade på lab från nån gödselhög eller avloppssystem, oklart om de är representativa för korallrev.

 

Och vill vi nu ympa bakterier från andra akvarier till en ny burk, det är väl bara att be om några fulla skummarkoppar och lite slam från akvariets eller sumpens botten tänker jag. Har inte sötvattenakvaristerna gjort så i alla år?

 

Vad gäller vad vi har lärt oss av DNA-sekvenseringen av massa olika nischer i forskningen? Ja, vi ser att biodiversiteten är stor och vi vet vilka grupper av mikrober som finns i olika system. Många mikrobiella system verkar vara metastabila, de står sig över tid och sen plötsligt ändrar de sig och så är de stabila under långa perioder igen. Tittar vi på vår tjocktarm (sekvensering av avföring) så ser vi just det. Och vi ser skillnader mellan grupper och individer. Men vad det betyder, d v s hur det kan användas för diagnos av hälsotillstånd och hur det kan manipuleras (tänk probiotika) som behandling. Ja inte tydligt - detta verkar inte vara de enkla sambandens biologi. Transplantation av avföring mellan människor har väl varit lyckosamt i vissa fall och vid vissa diagnoser. Jag har inte följt den litteraturen egentligen, har mest stött på detta vid uppföljning av kollegors doktorander. Men jag tror man ska vara mycket skeptiskt. Om jag har förstått mina kollegor rätt så ska man kanske vara minst skeptisk när det gäller nyförlösta. Deras tarm är lite som ett nytt akvarium och koloniseras snabbt av bakterier. Då har man ett fönster där man kan manipulera ekologin effektivare.

 

 

[OR20]

On 2024-01-04 at 14:34, Claes_A skrev:

Kul att du gör detta och att DNA-sekvensieringstjänster har funnits på marknaden för hobbyändamål några år. Hade helt missat det.

 

Jag har ju detta som en del av jobbet och måste säga att jag är rejält skeptiskt till behovet av bakterier på flaska. Särskilt i etablerade akvarier. Visst kan jag tänka mig att det i teorin kan vara värdefullt de första dagarna/veckorna i ett akvarium innan alla ytor har täckts av en mer stabil biofilm. Men att sen lyckas påverka den där biofilmen i ett förutsägbart och positivt sätt för akariets invånare. Jag tror inte på att det är möjligt.

 

Sen har jag aldrig förstått det där med att köpa bakterier på flaska. Levande sten är ju en betydligt större ympning och eftersom den ofta nyligen har genomgått en massdöd (från transporten) och där sett en puls ammoniak, nitrit och nitrat så är den ju primad med bakterier som metaboliserar de molekylerna. Och sannolikt med stammar som finns i korallrev vilket ju kan vara lämpligt. Bakterierna på flaska brukar vara isolerade på lab från nån gödselhög eller avloppssystem, oklart om de är representativa för korallrev.

 

Och vill vi nu ympa bakterier från andra akvarier till en ny burk, det är väl bara att be om några fulla skummarkoppar och lite slam från akvariets eller sumpens botten tänker jag. Har inte sötvattenakvaristerna gjort så i alla år?

 

Vad gäller vad vi har lärt oss av DNA-sekvenseringen av massa olika nischer i forskningen? Ja, vi ser att biodiversiteten är stor och vi vet vilka grupper av mikrober som finns i olika system. Många mikrobiella system verkar vara metastabila, de står sig över tid och sen plötsligt ändrar de sig och så är de stabila under långa perioder igen. Tittar vi på vår tjocktarm (sekvensering av avföring) så ser vi just det. Och vi ser skillnader mellan grupper och individer. Men vad det betyder, d v s hur det kan användas för diagnos av hälsotillstånd och hur det kan manipuleras (tänk probiotika) som behandling. Ja inte tydligt - detta verkar inte vara de enkla sambandens biologi. Transplantation av avföring mellan människor har väl varit lyckosamt i vissa fall och vid vissa diagnoser. Jag har inte följt den litteraturen egentligen, har mest stött på detta vid uppföljning av kollegors doktorander. Men jag tror man ska vara mycket skeptiskt. Om jag har förstått mina kollegor rätt så ska man kanske vara minst skeptisk när det gäller nyförlösta. Deras tarm är lite som ett nytt akvarium och koloniseras snabbt av bakterier. Då har man ett fönster där man kan manipulera ekologin effektivare.

 

 

Håller helt med om att en kopp skimate, lite sand från en kompis akvarium (gärna från något skumt område) och lite levande sten skapar en bra bas för en harmonisk bakteriekultur. Där jag tror att dessa DNA tester verkligen kan bidra är att testa akvarium för att se vilka kar man ”bör” använda som donatorer/ympningskulturer för att inte få med sig några patogener. 
 

jag tror heller inte att vi ska stirra oss blinda på havets bakterieflora då våra kar aldrig varit eller kan bli lika breda i vilka arter som finns. Det är bara titta på vissa av de filter vi använder och hur de påverkar populationen selektivt. UV filter och skummare kan bara ta frisimmande bakterier, kolkällor förskjuter i vissa fall populationerna åt vissa håll och så vidare och då vidare. Med det sagt så tror jag att vi bör använda DNA testerna som ett sätt att minska inflödet/spridningen av patogener.