Kul att du gör detta och att DNA-sekvensieringstjänster har funnits på marknaden för hobbyändamål några år. Hade helt missat det.
Jag har ju detta som en del av jobbet och måste säga att jag är rejält skeptiskt till behovet av bakterier på flaska. Särskilt i etablerade akvarier. Visst kan jag tänka mig att det i teorin kan vara värdefullt de första dagarna/veckorna i ett akvarium innan alla ytor har täckts av en mer stabil biofilm. Men att sen lyckas påverka den där biofilmen i ett förutsägbart och positivt sätt för akariets invånare. Jag tror inte på att det är möjligt.
Sen har jag aldrig förstått det där med att köpa bakterier på flaska. Levande sten är ju en betydligt större ympning och eftersom den ofta nyligen har genomgått en massdöd (från transporten) och där sett en puls ammoniak, nitrit och nitrat så är den ju primad med bakterier som metaboliserar de molekylerna. Och sannolikt med stammar som finns i korallrev vilket ju kan vara lämpligt. Bakterierna på flaska brukar vara isolerade på lab från nån gödselhög eller avloppssystem, oklart om de är representativa för korallrev.
Och vill vi nu ympa bakterier från andra akvarier till en ny burk, det är väl bara att be om några fulla skummarkoppar och lite slam från akvariets eller sumpens botten tänker jag. Har inte sötvattenakvaristerna gjort så i alla år?
Vad gäller vad vi har lärt oss av DNA-sekvenseringen av massa olika nischer i forskningen? Ja, vi ser att biodiversiteten är stor och vi vet vilka grupper av mikrober som finns i olika system. Många mikrobiella system verkar vara metastabila, de står sig över tid och sen plötsligt ändrar de sig och så är de stabila under långa perioder igen. Tittar vi på vår tjocktarm (sekvensering av avföring) så ser vi just det. Och vi ser skillnader mellan grupper och individer. Men vad det betyder, d v s hur det kan användas för diagnos av hälsotillstånd och hur det kan manipuleras (tänk probiotika) som behandling. Ja inte tydligt - detta verkar inte vara de enkla sambandens biologi. Transplantation av avföring mellan människor har väl varit lyckosamt i vissa fall och vid vissa diagnoser. Jag har inte följt den litteraturen egentligen, har mest stött på detta vid uppföljning av kollegors doktorander. Men jag tror man ska vara mycket skeptiskt. Om jag har förstått mina kollegor rätt så ska man kanske vara minst skeptisk när det gäller nyförlösta. Deras tarm är lite som ett nytt akvarium och koloniseras snabbt av bakterier. Då har man ett fönster där man kan manipulera ekologin effektivare.