Koralldatabas

[Benighted]

Hej, som jag skrev i denna tråden håller jag på och skriver en databas över (i första steget) koraller som först var tänkt som en privat informationsbank för allt jag tycker är intressant att spara om djuren, så att man slipper ha en massa textfiler och länkar drällande överallt och att man inte hittar det man är intresserad av.

Det jag vill ha är en mer dynamisk databas där man lätt kan lägga till olika typer av information och allt ska vara sökbart, som att man har ljuskrav som en parameter, så kan man söka på t.ex. alla koraller som har de ljuskraven, och få en lista på dem. Det ska gå att få sammandrag, t.ex. om du väljer släktet Acropora så ska man få en sida som innehåller en människoskriven sida om Acropora, men samtidigt så söker databasen igenom alla arter som ligger under Acropora och anger olika parametrar som finns inskrivna för arterna och gör en sammanfattning av arterna som uppdateras dynamiskt när nya arter skrivs in.

Sen är man väl medveten om att det både hos en själv och användarna kommer vara en nyhetens behag som kommer att försvinna med tiden, men jag hoppas på att kunna göra den såpass enkel att använda att man inte ska hamna i ett stadium av att det är jobbigt att uppdatera ett värde, eller lägga till en kommentar.

Men som sagt, i första hand gör jag det för min egen skull, jag behöver nåt bättre att samla informationen om djuren i än diverse små textfiler utan ordning eller sökbarhet. Och det skulle ju vara trevligt om det kan bli något fler en jag kan få nytta av därför jag valde publicera mina tankar kring detta projekt jag började med förra veckan.

Har många tankar kring användningen av projektet (är ju enkelt att lägga till att användare har sin egen sida där man har djurdatabas vilka djur man äger osv), gäller bara att energin kring detta finns, man har ju som sagt ett liv utanför saltvatten

Tack för de som är intresserade av att hjälpa till med det, när jag börjar få lite ordning på strukturen så hoppas jag på att det ska finnas några som vill hjälpa till, och kommer skriva till er som redan meddelat intresse. För de intresserade det en sida skriven i Catalyst (Perlbaserat web-framework (Perl/HTML/Template Toolkit)) med en MySQL databas som backend.

Rätt snart kan man nog vara i ett stadium där man kan börja skriva in nya släkten, arter med mera, informationen kommer sannolikt hållas rätt hårt modererat då jag inte vill ha dålig information i databasen för då tappar den sitt syfte för mig, så informationen som skrivs in (i.a.f den strikta informationen (kanske kommer in kommentarsfält som är mer öppna (men fortfarande modererade så att det inte blir nån pajkastning med mera)) skall vara korrekt, och inte innehålla massa saker som "Montipora sp. 01" och gissningar. Det ska vara tillförlitligt att söka i denna databasen. Hellre håller jag färre arter, bilder, fakta med mera än felaktig sådan.

Ska lägga upp några bilder på artrelations-grafen snart för de intresserade, den är än så länge i ett väldigt tidigt stadium, utan massa bells & whistles.

[jorgas]

Varför gå över ån efter vatten? Här finns typ allt och lite till av det du beskriver.

http://akvarielexikon.se/

Du kan redigera alla arter och du kan lägga upp ditt akvarium och koppla fisk och koraller till det.

[Benighted]

En av de sakerna jag tycker är viktigt i en databas med organismer är att man får uppleva taxanomin (artindelningen) på ett visuellt sätt för att ge människor en känsla och intresse för det då det annars kan kännas väldigt ointressant och svårgreppbart för många.

Så jag har gjort ett testskott för graferna jag tänkt använda, det är väldigt torftigt än, och jag hoppas på att kunna göra det mer spännande med färger (eventuellt bilder) med tiden. Denna version är extremt begränsad i vad som finns i databasen och innehåller även en del felaktigheter (typiskt med det jag sa i tråden ovan) som t.ex. att en del släkten som står under familjen Acroporidae faktiskt tillhör familjen Pocilloporidae. Men ville ändå dela med mig av några bilder på vad som händer.

Diagrammet är "dragbart" så man kan bara dra med musen dit man vill titta närmare på, klicka på ett namn så centrerar den och dubbelklick länkar vidare till sidan som beskriver det man klickat på (familj, släkte, art m.m.)

När man börjar så hamnar man på Cnidaria (Nässeldjur)

Med ett klick hamnar man på Hexacoralia (sexstråliga koralldjur)

Sen klickade jag mig vidare till familjen Acroporidae

Och till sist släktet Montipora

Det var allt för nu, hoppas ni tycker det verkar intressant, återkommer med uppdateringar när nåt spännande händer

[PatriksS]

Snygga släktträd!

[petnym]

Snyggt släktträd! Nu saknas bara lite foton, så man kan koppla namnen till det man har i akvariet också...

[stigigemla]

Det är inget litet jobb du har tagit på dig. 18 familjer bara inom stenkoraller och långt över 1000 arter. (Och en massa fantasinamn). Hur har du tänkt att gå till väga?

[Benighted]

Tack Patrik & Peter.

Hmm, trista är ju att många är svåra att identifiera genom enkla bilder, många verkar ju tro att alla flakväxande Montipora är capricornis och alla grenväxande är digitata. Det tråkiga är att det finns många olika arter som ser väldigt lika ut och vissa koraller som ser helt olika är samma art (eller ibland till-och-med samma klon) i olika förhållanden.

Stig: Jobb och jobb, jag ser det som en hobby eller nöje, men hur jag tänkt göra det? jo, bit för bit, jag har ingen brådska, vill satsa på kvalitet istället för det vanliga på internet som är kvantitet med mycket tveksam kvalitet. Jag kommer lägga in data jag finner intressant om arter jag tycker är intressanta, när jag känner för det. Och hoppas att det ska kunna finnas några till med intresse för olika djur som vill lägga in data om de djuren.

Har fått flera kommentarer på PM om det också, och lite för att klargöra kring saker så är tanken att jag kommer först vara moderator och administrator för sidan, när det väl byggts upp lite mer kommer jag försöka få till en redaktion med människor jag litar på som är de som granskar uppgifter innan de läggs upp. Andra användare kommer inte få redigera databasen direkt, utan genom redaktionen och eventuellt lägga till kommentarer på sidorna (som kommer hållas hårt modererat).

All information ska vara källciterad (är det egen erfarenhet ska det också stå som källa) för att man ska kunna vara källkritisk, man ska även kunna se vilken användare som lagt in datat (och vem som varit den som ville lägga in det) och när.

Som sagt, jag gör detta för mitt egna nöjes skull, och jag hoppas det ska komma till nytta för fler än mig själv, och att det ska finnas några eldsjälar som vill hjälpa till med den sen.

Jag har ännu inte gjort nåt strikt beslut i om sidan ska vara publik eller privat, jag hoppas det ska finnas ett intresse för den men annars så är det inget problem för mig, de som är intresserade får läsrättigheter till den på min privata server.

[Claes_A]

Jättekul initiativ!

Hur står det till med taxonomin för t ex stenkoraller? Jag vet att inom botaniken så är det ett jäkla godtycke i vad som är en art, en underart eller varietet. De finns alltså inga regler som styr var gränserna ska dras utan det görs praktiskt baserat på godtyckligt valda karaktärer som är lätta att känna igen i fält. En hel del har fått göras om de senaste åren eftersom PCR-analys har vänt upp och ner på de morfologiskt baserade klassificeringarna.

Är det samma röra för stenkorallerna som ju delar en del morfologi med växterna snarare än med djuren?

[stigigemla]

I Corals of the world finns ett kapitel om förändring av familjer, släkter och arter under några hundra miljoner år. Grund för ett nobelpris som jag ser det.

[mr cheezy]

Jättekul initiativ!

Hur står det till med taxonomin för t ex stenkoraller? Jag vet att inom botaniken så är det ett jäkla godtycke i vad som är en art, en underart eller varietet. De finns alltså inga regler som styr var gränserna ska dras utan det görs praktiskt baserat på godtyckligt valda karaktärer som är lätta att känna igen i fält. En hel del har fått göras om de senaste åren eftersom PCR-analys har vänt upp och ner på de morfologiskt baserade klassificeringarna.

Är det samma röra för stenkorallerna som ju delar en del morfologi med växterna snarare än med djuren?

haha så tycker jag det är på varenda kurs jag läser på universitetet, denna trodde man tillhörde detta men det har på senare tid visat sig tillhöra detta

[Benighted]

Det är ren galenskap i koralltaxanomin just nu pga DNA-analyserna, men det är ju bara att göra sitt bästa, tycker inte det är helt viktigt att den är konsistent helt med den nyaste forskningen, men självklart vill man ju hålla den så a-jour som möjligt men forskning pågår hela tiden och man har ju ett heltidsjobb och ett liv utanför denna databas så inte kommer jag leta konstant efter ny forskning. Det är inte poängen med databasen i min åsikt.

Måste bara skaffa fram lite mer litteratur, JEN Verons bok torde ju vara ett måste för mig men de är ju inte helt gratis eller lätta att få tag på. Tips om annan litteratur mottages tacksamt.

[Benighted]

Har fixat till så att jag genererar graferna ur databasen (första exemplet var handskrivet), fixat runt lite med datatabeller, relationer med mera. Men nu måste jag ta tag i det tråkiga jobbet, fixa ett bra webbanvändargränssnitt för att fylla i data... Mer info kommer när det händer nåt spännande.

Databasen kommer som sagt inte bli klart om 2 timmar direkt, när man lite lätt börjat visualisera det så börjar man bli svettig Har skrivit in alla familjerna för stenkoraller i databasen, några har fått släktena inskrivna, Acropra och Montipora har fått några arter inskrivna (och arterna kan ju ha varieteter/underarter också).

Men här är lite bilder på släktträdet ifrån riket Animalia (djur) och uppåt som finns i databasen..

Första är de olika familjerna bland stenkorallerna, och den andra visar den (ofullständiga) genen längst till höger (Acroporidae) under stenkorallerna.

[Benighted]

Pysslat lite till med databasen, börjar finnas lite arter i den, ingen spännande information om dem än, men släktträdet blir allt mer imponerande i storlek. Nu har jag börjat föra in extern information ifrån ITIS och ifrån hexacorallians of the world. Så de familjer stenkoraller som hade släkten inskrivna har nu alla validerade arter inskrivna. Övriga är det en del pillande kvar på. Men att Acropora är ett gigantisk släkte kommer man inte undan:

Om man rör sig inåt så kan man se Acroporidae med alla arterna, Montipora är också ett STORT släkte:

Ännu längre in kommer man till centrumet för stenkoraller:

En snabb sidestep till Euphyllidae med många populära LPS:er:

Till sist har jag för er ryggradsälskare börjat lägga in lite släkten på fisksidan också:

Over and out for tonight...

[-=Mr_B=-]

Skitdum fråga, men eftersom koraller inom en del, eh, under-arter(?) kan befrukta, och åstakomma viril avkomma mellan arterna, varför ser man inte underarter gå ihopa till dessa i trädet? Är det ett medvetet val att härleda dem direkt under huvudarten, eller man vet helt enkelt inte vilka som är hybrider på två tidigare varianter, och vilka som är "evolution" ? (hybriderna är ju evolution, bara inte samma som inom ett enskilt släkte)

Det är bara en fundering, och den slog mig väll egentligen när jag tittar på den ursnygga solfjädern som är Acropora...

B!

[PatriksS]

Måste bara säga än en gång - imponerande är nog en underdrift. Skitkul initiativ, kör på!!

[Claes_A]

Skitdum fråga, men eftersom koraller inom en del, eh, under-arter(?) kan befrukta, och åstakomma viril avkomma mellan arterna, varför ser man inte underarter gå ihopa till dessa i trädet? Är det ett medvetet val att härleda dem direkt under huvudarten, eller man vet helt enkelt inte vilka som är hybrider på två tidigare varianter, och vilka som är "evolution" ? (hybriderna är ju evolution, bara inte samma som inom ett enskilt släkte)

Det där är ett problem för systematikerna som vill rita fina träd. Inom djurvärlden brukar det ofta lösa så att hybrider inte så ofta är fertila - dvs de får ingen avkomma. Så verkar det vara när jag googlar också för t ex Acropora:

http://www.sciencemag.org/content/296/5575/2023.abstract?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&fulltext=Hybridization+and+the+evolution+of+reef+coral+diversity&searchid=1&FIRSTINDEX=0&resourcetype=HWCIT%29

"Arten" Acropora prolifera är en F1-hybrid som inte förökar sig könsligt.

Inom botaniken är det inte alls på samma sätt - där kan hybridisering leda till nya populationer som kan kallas för arter, underarter eller varieteter beroende på traditionen inom just det systematiska fältet. Jag gissar att hybridisering mellan två närbesläktade korallarter som ger upphov till en ny art kan vara svår att detektera för systematikerna. Om de börjar med morfologiska drag så kommer det nog bara se ut som ännu en art i samma släkte. DNA-analys så kan de få bevis för hybridiseringen (se tex A. prolifera ovan).

[Tedb]

Snyggt. Kul o se hur det växer.

[Benighted]

Mycket intressant diskussion om det där med hybridisering. I graferna kan man ju lägga till linjer som visar föräldrar till arter som är hybrider (och man kan ju göra färgen till hybriden annorlunda) så att man kan se sådan information i översiktsgrafen.

Börjar redan bli en viss TODO-lista på siten, fast den inte är öppen publikt än, men kul med människor med idéer, den mesta energin för mig går ju fortfarande till grundläggande databasdesign, det är inte helt trivialt att försöka se till ända ifrån början att det ska vara flexibelt med mera. Men jag gör det ju inte för att det är enkelt, jag gör det för att jag är störd

En ny bild på hur det ser ut på siten, jobbat med att ha autentisering och så senaste dagarna, och börjat lite med web-designen, borde bli bättre på att göra snygga sidor innan jag börjar på sånt här . Men då det är skrivet med CSS så är det ju relativt enkelt att ändra designen med tiden.

Har bara skrivit in lite krafs på Acanthastrea för att visa hur det ser ut just nu... Håll till godo:

Tips om sidans design, vilken information borde finnas med, med mera mottages tacksamt, räcker med en kladd i paint över hur ni skulle vilja ha informationen strukturerad med mera, och vilka fält som är av intresse som generell information. Det är ju alltid bra med fler ögon på sånt här, en själv sitter ju och fastnar så lätt i detaljerna när man sitter med det på kvällarna ensam.

Språk ja, det är ju nånting jag funderat en del på och jag vet inte än hur jag ska göra, som ni ser är det på engelska just nu, men vet inte om jag ska lägga till flerspråksstöd (gör det ju mycket mer krångligt) många saker kommer jag bara ha värden för, som ni ser, ljusbehov aggressivitet med mera, tanken här är att man lätt ska kunna beräkna medelvärden på arter för sammanställningen för släkten med mera. Och att textuell information blir mycket svårare att få konsekvent och att använda statistisk (jag är ju svag för visualisering och statistik så det kommer bli en del kalenderbitande i databasen är jag rädd för ). Men viss information kommer ju inte kunna vara något annat än textuell.

Ändrat 19 december 2010 av Benighted

[herrGreen]

Fantastiskt snyggt! Jag är väldigt imponerad. Funktionen är ju klockren. Det värmer mitt lilla akademiska hjärta

Jag är personligen väldigt kritisk till artkonceptet eftersom det är så svårt att stödja det i släktträd (en art är ju bara vår korta bild av en evulotionär process in action). Linnéanska systemet är i mina ögon rätt oldschool, men tills det finns något bättre så får man hålla sig till det. Jag inser ju att det behövs. Att namnge grupper för att lättare katalogisera evolutionära processer är ju däremot väldigt rätt.

Äsch bara en massa personligt svammel.

Superbra gjort, hoppas du fortsätter!

God Jul!

[Benighted]

Kul att du gillar den Leon

Jo, jag tror att det här med artsamband på det sättet som Linné såg det är rätt ofunktionellt i dagens värld, och kräver nya grepp, jag försöker strukturera upp det så gott jag kan i min lilla databas och hoppas även på att kunna komma på nåt roligt nytt sätt att visualisera arternas släktskap (måste få tag i mer grunddata för det bara)

Nu till en fråga till er alla, jag har färgsatt diagrammet, inte ritat nån förklaring till den än, men färgerna är tagen ifrån wikipedias sida om biological classification, nu får ni säga om det är bättre eller sämre än den enfärgade?

[-=Mr_B=-]

Det kan vara för att man "vant sig" vid det enkla röda, men jag kände att även om färgerna var roliga, lite kalejdoskop över det hela, så blev det mer "information overload" än informativt. Det borde dock inte vara så svårt att sätta en checkbox någonstans i interfacet för att välja färger, eller enkelfärgat?

B!

[PatriksS]

Kul att du gillar den Leon

Jo, jag tror att det här med artsamband på det sättet som Linné såg det är rätt ofunktionellt i dagens värld, och kräver nya grepp, jag försöker strukturera upp det så gott jag kan i min lilla databas och hoppas även på att kunna komma på nåt roligt nytt sätt att visualisera arternas släktskap (måste få tag i mer grunddata för det bara)

Nu till en fråga till er alla, jag har färgsatt diagrammet, inte ritat nån förklaring till den än, men färgerna är tagen ifrån wikipedias sida om biological classification, nu får ni säga om det är bättre eller sämre än den enfärgade?

För min del är det bättre med olika färger så man på ett pedagogiskt sätt ser på vilken nivå man befinner sig.

[daniel_i_malmö]

Till sist har jag för er ryggradsälskare börjat lägga in lite släkten på fisksidan också:

Vore det inte häftigt att, när det gäller fiskar, koppla applikationen mot http://www.fishbase.se/?

Fishbase anses väl vara referensen när det gäller systematik för fiskar, och hålls uppdaterad av nästan 2000 forskare och andra medarbetare världen över. Idag innehåller den drygt 30000 arter. Att själv bygga upp en motsvarande databas, och hålla den uppdaterad är nog en sisyfosuppgift.

Informationen i fishbase är fritt tillgängligt online i xml-format.

För varje fisk finns dessutom en hel del info. Se tex för A. percula:

http://www.fishbase.se/Summary/speciesSummary.php?ID=9209&genusname=Amphiprion&speciesname=percula

Det 'enda' som fattas är skötsel i akvarium. Den biten skulle du kunna lagra i din databas, kopplat mot fishbase art-id.

Då skulle du med dina släktträdsgrafer med en gång ha skapat ett innovativt GUI mot världens största fiskdatabas. Det skulle helt säkert ha potential att få stor uppmärksamhet globalt både inom fiskforskarvärlden och akvaristiken. Fishbase har drygt 30 miljoner träffar varje månad.

Som system- och webbutvecklare var en koppling mot fishbase det första jag tänkte på när jag såg dina fina grafer. Bygg gränssnittet som är det roliga och det som uppmärksammas, men låt andra stå för det arbetssamma och tråkiga jobbet att hålla bakgrundsdata uppdaterat.

Nästa steg är förstås att bygga en flexibel provider-modell för data, så kan graferna snart användas av fågelskådare, botaniker etc.

Ändrat 20 december 2010 av daniel_i_malmö