Vet inget om de pumparna, men prova att lyfta ur impellern och sätta tillbaks den under vatten så att det garanterat inte är någon luft i schaktet. Nya pumpar brukar föra oväsen i några veckor tills det byggts upp en biofilm inuti.
Om clownerna är små och går i stim borde de vara hanar allihop, särskilt den minsta av dem. Fast jag skulle inte rekommendera någon fisk till inkörningen innan ammoniumet försvunnit, det borde räcka med att mata bakterierna (med fiskfoder eller näringen från levande sten). Satsa på algätande eremiter istället (efter ett par veckor, när ammoniumet försvunnit).
Jag tror inte det behövs något skydd under levande sten ens om de välter, men det skadar säkert inte heller. Vissa typer av död sten kan däremot vara väldigt tung, men jag vet inte om den säljs längre.
Om du vill använda revkeramik istället för levande sten tar inkörningen längre tid, eftersom akvariet då nästan helt saknar bakterier i början (det finns bakteriekulturer att köpa). Det finns olika sorters lim för korallfraggar som fungerar under vatten, möjligen kan det vara svårt att hålla ihop tunga bitar tills limmet härdat (jag har inte provat, andra vet säkert mer).