Hur många har Acropora millepora?

[Sjöfartsmuseet Akvariet]

Då vi är i startgroparna för att testa släktskap bland koraller i vårt DNA-labb hade det varit intressant att veta ungefär hur vanlig Acropora millepora är i våra svenska akvarier. Detta kanske iofs handlarna kan svara på bäst då de säljer, men jag slänger ut frågan till alla i alla fall.

Vi undersöker A millepora eftersom dess genom är helt kartlagt. Om allt går enligt planerna tänkte vi försöka se hur släktskapet och genbanken är för den korallarten i Sverige. Kommer alla korallerna från samma koloni eller är de olika individer? Läs gärna mer om detta på http://www.vattenplaneten.se/?p=1225

Acropora millepora

http://coral.aims.gov.au/speciesPages/species_metadata/0047/view#

Mer info kommer senare.

Mvh

David

[NiXoN]

Nja jag har några jag köpt som Millepora hos handlarna...

//NiXoN

[Speedster]

Jag har en...

[wrang]

Jag har 2st

Köpt som fraggar

/Christian

"Skrivet från en mobilenhet med tapatalk"

[Janne]

Jag tror den är ganska vanlig, koraller med mycket förgreningar och polyper växer ju snabbare och är härdigare. Jag har millipora som kommer både från havsodling och som fragg från en kompis.*

/Janne*

Skickat från min GT-I9100 via Tapatalk 2

[ormet]

Jag har 2, men tycker de kan vara enormt lika A. prostrata så jag vet inte.

[_Manne_]

2-3st.. (Osäker på en)

Med vänlig hälsning, Manne

Sent from my iPhone using Tapatalk

[Guest]

Jag har en som är köpt som frag.

[Andreas N]

jag har 5 olika färger av millepora.

[stigigemla]

Jag har en eller två rödaktiga färger. Ganska lika så det kan vara samma sort i lite olika ljus och cirkulation.

[Claes_A]

Intressant! Vad sekvensierar ni för regioner för släktskapsanalys?

[Guest]

Min har nu ändrat färg lite från blå nu skimrar den i glänsande blågrön skit snygg är den värkligen jag klagar inte att den ändrat lite

[wrang]

2 veckor efter att jag fått mina fraggar så har alla skapat en ny fot på de stället som de är limmade

[Andreas N]

Låter bra det christian :-)

[wrang]

Låter bra det christian :-)

Väntar bara att det skall få sin färg bara.

/Christian

"Skrivet från en mobilenhet med tapatalk"

[Sjöfartsmuseet Akvariet]

Intressant! Vad sekvensierar ni för regioner för släktskapsanalys?

Hej. För att avgöra släktskap inom en art (i detta fall A millepora) använder vi s.k. "mikrosatelliter" som är genetiska markörer som finns i de områden av DNAmolekylen som man ofta kallar för "skräp-DNA". Detta på grund av att man antar att dessa områdena av DNA inte används för att tillverka proteiner. Eftersom man antar att dessa delar av genomet inte uttrycks till proteiner så antar man vidare att de ej påverkas av naturlig selektion, och att de mutationer som sker i dessa områden inte påverkas av annat än slumpen.

Vi använder 10st mikrosatelliter som var och en är mellan 100-200 baspar (eller "bokstäver", dvs A, C, G och T) långa. Eftersom mutationerna inte "rättas till" så kommer mutationer i dessa områden att kopieras vidare och leda till att längderna av mikrosatelliterna skiljer sig mellan olika genetiska individer. Genom att jämföra "mönstret" av längderna på de olika mikrosatelliterna kan man avgöra om två korallkolonier är två olika genetiska individer (om de har olika mönster) eller samma genetiska individ (om de har identiska mönster). Denna metod är den som också används i faderskapsanalyser och i brottmålsundersökningar. På den bifogade bilden syns längderna på de 10 olika mikrosatelliterna för en koloni av A millepora när vi har separerat dem men elektrofores på en agaros-gel. På båda sidor om DNA-banden på gelen syns också två s.k. stegar med DNA-bitar av kända längder (100, 200 baspar osv).

Vi har även andra genetiska markörer som finns i mitokondriernas DNA och som har lägre "upplösning" än mikrosatelliterna eftersom de har lägre mutations-frekvens. Dessa markörer klarar inte av att skilja mellen olika individer inom en art och vi använder dem istället för att skilja mellan olika arter av koraller.

/Björn

[Claes_A]

Tack för ett utförligt svar. Jag fick intrycket att ni sekvensierade PCR-produkterna och direkt tittade på polymorfismer. Om jag för dig rätt så kör ni traditionell analys och tittar bara på längden på repetitiva mikrosatelliter. Kan ni även se längdförändringar i era mitokondrie-PCRer eller läser ni sekvensen där?

Sen har jag en fundering över gelen ovan. För mig är det lite förvånande att se endast en storlek på PCR-produkten för de flesta primerpar trots att det finns två alleler i det diploida genomet (för Acropora är väl diploid?).

[Sjöfartsmuseet Akvariet]

Hej igen.

Det stämmer att upplösningen i agarosgelen (som på bilden) är för dålig för att se båda DNA-banden som finns där för de individer som är heterozygoter (dvs har två olika längder för mikrosatelliten till skillnad från de som har två lika längder som är homozygoter). Mikrosatelliternas längder skiljer sig åt med så lite som två baspar vilket inte går att avläsa på agarosgelen. För att kunna skilja mellan en individs två olika s.k. alleler (dvs olika varianter av en DNAsekvens) måste vi antingen skicka iväg våra prover till ett lab som sekvenserar och/eller storleksbestämmer dem åt oss. Vi kommer att göra detta, men det är ganska kostsamt om man har många prover att anlysera. Men vi kommer också att använda oss av elektrofores med polyakrylamidgel (istället för agaros) eftersom den ger betydligt bättre upplösning och förhoppnings låter oss avläsa skillnader på två baspars längd. Men först måste vi köpa in denna utrustning. Fortsättning följer...

[Slanten]

Jag fattar inte nått av det ni pratar om, men det ska bli intressant att se resultatet

[Claes_A]

Haha, ja det är ett elände med terminologin inom genetiken och molekylärbiologin.

Vad gäller läsningen av DNA-sekvensen (det som vi om vartannat kallat för sekvensiering/sekvensering, ovan) så ligger priset som mitt lab betalar på 74 kr (utan moms) för en standardläsning (gammal hederlig Sangerläsning). Det finns helt säkert billigare alternativ för den som vill läsa många sekvenser av samma typ, men pengarna drar ju i alla fall iväg när provantalet ökar.