Jump to content

Testa bakterienivån och komposition i akvariet


OR20

Recommended Posts

Som vi alla vet så är bakterier en av grundstenarna för att kunna driva ett revakvarium. Detta omfattar allt från de mest basala delarna så som bakterier involverade i kvävecykeln till de patogener som orsakar fisk- och korallsjukdomar. Fram tills nu har bakterier dock varit ett område där vi som akvarister förlitat oss på teori och mätningar och observationer av del-/restprodukter samt effekter. 

 

Sedan ett tag tillbaka har dock ett företag i USA (Oregon) tillhandahållit en metodik för att testa dels nivån av och kompositionen av bakterier i ett slutet system. Detta görs genom DNA sekvensering. Företaget beter AquaBiomics och mer information hittas på https://aquabiomics.com/. Websidan är spartans men innehåller en del information. För mer information finns en del intervjuer på youtube bl.a. med BRS (www.youtube.com/watch?v=f1jF2q-_6cM&t=628s) (www.youtube.com/watch?v=y85J4x8LZ2c&t=473s) samt en artikel på Reefbuilders hemsida (https://reefbuilders.com/2021/08/09/can-you-test-for-fish-diseases-aquabiomics-thanks-so/).  

 

I Europa samarbetar Aquabiomics med ett österrikiskt företag Oceamo som säljer och förmedlar testerna. Kostnaden är 120 EUR per test inklusive frakt till dig, aquabiomics säljer dock abonnemang där priset per test går ner. Testet är lite mer omfattande än de ICP tester vi vant oss vid men är inte på något sätt komplicerat att utföra. Testet åtföljs av en tydlig instruktion och det finns även en video på Youtube som går igenom stegen (www.youtube.com/watch?v=RutR2Jg1Nk4&t=12s). Testet tar ca 30 minuter att utföra. Efter att ha returnerat testet till Aquabiomics tar dock testet mellan 4-6 veckor.  

 

Efter att ha samtalat med Aquabionics ett tar beställde jag ett test via deras partner i Europa. Min beställning inkluderade dels ett test för mitt akvarium samt två för att testa så kallade Bacteria in a bottle". Aquabionics har tidigare testat liknande produkter och kommer ev. att släppa denna typ av data till allmänheten men hade inte testat de två som jag använder. Dessa är Microbe-Lift Special blend och Microbe-Lift Thera-P. Under våra samtal kom vi fram till att jag skulle införskaffa två nya flaskor så att de kunde testa produkterna under ideala förhållanden och bifoga dem till mitt akvarietest. 

 

Själva akvarietestet genomfördes 2/9 2021 och skickades med posten samma dag till Österrike. Man uppmanas att genomföra testet innan större förändringar genomförs så som storstädning, addering av produkter m.m. och jag valde att göra testet på morgonen innan lamporna tänts. Testet utförs genom att 60ml vatten sugs upp i en steril spruta från ytan av själva karet och sedan filtreras genom ett filter. Efter att detta är gjort används en stabiliseringsvätska (troligen etanolbaserad baserad på lukten) och testet läggs åt sidan. Testet inkluderar också en bomullstopp som man använder för att testa inne i t.ex. sin returrör (det ska vara något som är under vatten och i mörker). Efter att detta är gjort doppas toppen i stabiliseringsvätskan och man låter detta lufttorka. Allt paketeras sedan i en dedikerad påse och returneras till Aquabiomics. Testet registreras sedan på Aquabiomics hemsida genom att man svarar på en del frågor om sitt akvarium. Jag passade också på att skicka iväg ett ICP test för att kunna använda som basvärde för eventuella framtida tester och analyser. Under de senaste två åren har jag använt Fauna Marin för detta och så även denna gången. 

 

Allteftersom jag får mer information/svar kommer jag att uppdatera och det är fritt fram att ställa frågor på detta enligt mig intressanta område. 

 

IMG_0982.jpg

IMG_0979.jpg

IMG_0980.jpg

  • Like 8
Link to comment
Share on other sites

13 timmar sedan, OR20 skrev:

Som vi alla vet så är bakterier en av grundstenarna för att kunna driva ett revakvarium. Detta omfattar allt från de mest basala delarna så som bakterier involverade i kvävecykeln till de patogener som orsakar fisk- och korallsjukdomar. Fram tills nu har bakterier dock varit ett område där vi som akvarister förlitat oss på teori och mätningar och observationer av del-/restprodukter samt effekter. 

 

Sedan ett tag tillbaka har dock ett företag i USA (Oregon) tillhandahållit en metodik för att testa dels nivån av och kompositionen av bakterier i ett slutet system. Detta görs genom DNA sekvensering. Företaget beter AquaBiomics och mer information hittas på https://aquabiomics.com/. Websidan är spartans men innehåller en del information. För mer information finns en del intervjuer på youtube bl.a. med BRS (www.youtube.com/watch?v=f1jF2q-_6cM&t=628s) (www.youtube.com/watch?v=y85J4x8LZ2c&t=473s) samt en artikel på Reefbuilders hemsida (https://reefbuilders.com/2021/08/09/can-you-test-for-fish-diseases-aquabiomics-thanks-so/).  

 

I Europa samarbetar Aquabiomics med ett österrikiskt företag Oceamo som säljer och förmedlar testerna. Kostnaden är 120 EUR per test inklusive frakt till dig, aquabiomics säljer dock abonnemang där priset per test går ner. Testet är lite mer omfattande än de ICP tester vi vant oss vid men är inte på något sätt komplicerat att utföra. Testet åtföljs av en tydlig instruktion och det finns även en video på Youtube som går igenom stegen (www.youtube.com/watch?v=RutR2Jg1Nk4&t=12s). Testet tar ca 30 minuter att utföra. Efter att ha returnerat testet till Aquabiomics tar dock testet mellan 4-6 veckor.  

 

Efter att ha samtalat med Aquabionics ett tar beställde jag ett test via deras partner i Europa. Min beställning inkluderade dels ett test för mitt akvarium samt två för att testa så kallade Bacteria in a bottle". Aquabionics har tidigare testat liknande produkter och kommer ev. att släppa denna typ av data till allmänheten men hade inte testat de två som jag använder. Dessa är Microbe-Lift Special blend och Microbe-Lift Thera-P. Under våra samtal kom vi fram till att jag skulle införskaffa två nya flaskor så att de kunde testa produkterna under ideala förhållanden och bifoga dem till mitt akvarietest. 

 

Själva akvarietestet genomfördes 2/9 2021 och skickades med posten samma dag till Österrike. Man uppmanas att genomföra testet innan större förändringar genomförs så som storstädning, addering av produkter m.m. och jag valde att göra testet på morgonen innan lamporna tänts. Testet utförs genom att 60ml vatten sugs upp i en steril spruta från ytan av själva karet och sedan filtreras genom ett filter. Efter att detta är gjort används en stabiliseringsvätska (troligen etanolbaserad baserad på lukten) och testet läggs åt sidan. Testet inkluderar också en bomullstopp som man använder för att testa inne i t.ex. sin returrör (det ska vara något som är under vatten och i mörker). Efter att detta är gjort doppas toppen i stabiliseringsvätskan och man låter detta lufttorka. Allt paketeras sedan i en dedikerad påse och returneras till Aquabiomics. Testet registreras sedan på Aquabiomics hemsida genom att man svarar på en del frågor om sitt akvarium. Jag passade också på att skicka iväg ett ICP test för att kunna använda som basvärde för eventuella framtida tester och analyser. Under de senaste två åren har jag använt Fauna Marin för detta och så även denna gången. 

 

Allteftersom jag får mer information/svar kommer jag att uppdatera och det är fritt fram att ställa frågor på detta enligt mig intressanta område. 

 

IMG_0982.jpg

IMG_0979.jpg

IMG_0980.jpg

 

Skulle vara MYCKET intressant om du kunde dela med dig av svaren när du fått dessa :) Detta är ju ett måste att testa framöver! :D 

  • Thanks 1
Link to comment
Share on other sites

6 timmar sedan, Kim Rosenqvist skrev:

 

Skulle vara MYCKET intressant om du kunde dela med dig av svaren när du fått dessa :) Detta är ju ett måste att testa framöver! :D 

Självklart gör jag det! Roligt att det finns andra som också är intresserade av detta! 

  • Like 1
Link to comment
Share on other sites

Detta är bland det intressantaste jag läst här på länge! Ska bli riktigt spännande att se resultatet från ditt akvarium och bakterietillsatserna. 

Undrar om tillverkaren av Microbe-lift är nervösa nu...

  • Like 1
  • Thanks 1
Link to comment
Share on other sites

@Slanten tack för de snälla orden!

 

Ja, det är många "löften" som dessa olika tillverkare av "bakteriekulturer i flaska" kommer med. Detta är inte isolerat till Microbe-Lift utan jag ser det som att majoriteten är skyldiga till detta. Det är som jag sett det väldigt få som faktiskt kan visa på verifierade jämförelser eller detaljer om vad och varför de består av det de gör. En liknelse kan göras med alla de "mirakelmedel" som fanns på 90-talet som skulle göra både ditt och datt.  Min övertygelse är dock att bakterier är en kritisk komponent av ett hälsosamt revakvarium. 

 

Tanken bakom att göra detta test är att vi kanske ska kunna komma närmare att besvara:

Vilken ”bakterieflora” bör ett revakvarium ha?

               Detta kommer Aquabiomics att ”svara” på. Frågan är dock om deras genomsnittliga värden på alla testade akvarium är rätt eller om man borde ha selekterat akvarium bättre?!           

* Vilka bakterieprodukter kan man tillsätta för att justera ett akvariums ”bakterieflora”?

              Genom att testa olika bakterieprodukter kan dessa antingen kombineras för att ”rätta till” ett akvariums ”bakterieflora” alternativt kan de billigaste versionerna användas om två                  produkter har samma beståndskomponenter

 

Sedan är det ju kul att testa lite nya saker ;) 

 

 

  • Like 3
Link to comment
Share on other sites

@kapten vad roligt att du tycker det också. Det är ju dock som du skriver en justering att behöva vänta så många veckor och det är väl en av de stora nackdelarna med detta test. Jag har inte kunnat få något svar på hur snabbt balansen i bakteriefloran förändras  kontra hur lång tid testet tar. Jag är mindre oroad för om mängden bakterier minskar även om detta kan vara problematiskt också. Som sagt ett intressant test och jag tror att vi fortfarande försöker hitta sättet som det ska användas på. Sedan måste priset komma ner alla fall enligt den här smålänningen ;) 

 

Som en lite anekdot så gjorde jag ett ICP test samtidigt som jag gjorde detta test. För nästan tre år sedan så bytte jag från Triton till Fauna Marin så det var den tjänsten som jag använde. Jag måste säga att jag återigen är imponerad av deras hastighet. Jag la det på lådan i Norrköping i torsdags och på måndag eftermiddag så hade jag mitt svar. 

Link to comment
Share on other sites

Det verkar som om fler är intresserade av detta och angränsande område (bakterier vid uppstart). Bulk Reef Supply kommer att ha en live video om 15 minuter kring detta ämne. 

 

  • Like 1
Link to comment
Share on other sites

Som jag beskrev i mitt första inlägg så tar testet ett flertal veckor. Detta medför att jag inte har så mycket att förmedla om mitt eget test. Jag vill dock rekommendera en intervju som Reefdudes precis gjort med AquaBiomics. En intressant del i diskussionen anser jag var hur vi kan påverka vår bakterienivå och effekten av t.ex. UV och skummare. Jag anser att det ska bli väldigt intressant att följa den forskning som de gör för att kanske hitta "bättre" eller i alla fall nya sätt att driva ett revakvarium. 

 

  • Like 1
Link to comment
Share on other sites

  • 1 month later...

@Hampus85 nej, inget svar ännu. Det framgår dock av deras hemsida att testomgången som jag ingår i ska vara klara idag. Sedan vet jag att Eli, som äger företaget, analyserar varje test och skriver rekommendationer till det så jag misstänker att detta kommer att ta ett par dagar till. Jag kommer att lägga upp mitt svar så fort jag fått det. 

  • Like 3
Link to comment
Share on other sites

Jag har nu efter ett par veckor mottagit mitt resultat. Jag inväntar dock resultatet av de två bakterieprodukterna som jag också skickade in samt de skriftliga analyser som Aquabiomics tillhandahåller av resultaten både för mitt akvarium och bakteriekulturerna. Resultatet kommer via email som en länk man använder för att logga in på deras hemsida och på så sätt komma åt resultaten. Dessa finns som en live version men kan också sparas ner i *.pdf format.

 

Innan vi hoppar in i resultatet kan det vara värt att lite kort beskriva analysmetoden som Aquabiomics använder. Testet bygger på att man sekvenserar unika markörer från olika eukaryoter i testet. Detta körs sedan mot en DNA databas för att identifiera vilka organismer som funnits i testet. För den uppmärksamme så finns här ett flertal risker så som att testet utsätts för yttre skada vilket bryter ner DNA sekvenserna innan de testas och att DNA registret inte är komplett eller korrekt. Jag inte expert på detta område men  för den som vill läsa på mer så kan ni göra det på t.ex. https://en.wikipedia.org/wiki/Environmental_DNA#eDNA_metabarcoding

 

Eftersom Aquabiomics kör testerna i batcher så kan väntetiden bli lite längre. Generellt så genomförs ett test per månad och själva sekvenseringen och analysen tar ca tre veckor. Detta innebär att om man har otur och får in sitt test precis efter att en batch körts igång så kan det dröja en månad plus tre veckor. För oss i Europa så blir detta extra viktigt då testet först ska gå till Österrike och sedan skickas till USA.

 

 

Aquabiomics timetable.png

Link to comment
Share on other sites

Rapporten kommer i två delar. Dels en rapport som Aquabiomics kallar ”TankDNA Test Report” och dels en som benämns ”Microbiome Test Report”. Den förstnämnda rapporten ämnar att sammanfatta de olika organismer som återfanns I testet med focus på sjukdomar och parasiter. Data presenteras dels per eukaryot (som siffror sample kontra ”normalt utfall”) men också som två grafer. Den första beskriver hur många olika typer som finns i provet. (Dessa är färgkodade enligt klasser). Ett större segment visar att det finns fler typer per klass. (Se Eukaryotic Biodiversity nedan) 

Aquabiomics 1.png

 

Den andra grafen visar hur densiteten ser ut. Mao en viktad bild baserad på den totala populationen. Den skiljer sig därigenom från första grafen som ”bara” visade hur många olika klasser som fanns medan den andra grafen visar hur många individer som fanns per klass. Man skulle kunna se det som att den första räknar hur många efternamn som börjar på A det finns medan den andra tittar på hur många som faktiskt har ett efternamn som börjar på A om det gör det tydligare?! (Se Sample Composition nedan)

Aquabiomics 2.PNG

Edited by OR20
Link to comment
Share on other sites

Den andra rapporten (Microbiome Test Report) ämnar visa populationen av eubakterier och arkebakterier. Tillsammans med det första testet omfattas alla tre huvud domänerna. De två första graferna som presenteras visar på hur stor spridning tester uppvisar. Den första grafen, se Diversity score (percentile), nedan) visar på spridningen med utgångspunkt i vad Aquabiomics sett i andra testade akvarium. En utmaning är att det inte framgår någon status eller övrig information om dessa  jämförbara akvarium. Med andra ord vet man inte ålder, inriktning, approach till att hålla saltvattensakvarium eller ens hur dessa akvarium mår (har man testar för att man är en early adopter, för att man har ett problem eller för att .....?)

 

Aquabiomics 3.png

 

Den andra grafen visar på hur populationssammansättningen och densiteten  av eubakterier och arkebakterier skiljer sig mellan testet och det som Aquabiomics använder som "normal värde" utifrån sina tidigare tester. 

 

 

Aquabiomics 4.png

 

Efter dessa grafer sammanställs de signifikanta skillnader som återfanns i populationen jämfört med vad Aquabiomics kallar ett typiskt test. I mitt test var detta:

Högre nivåer av: Thiotrichacease, Oceanospirillaceae och Bacteriovoracacease

Lägre nivåer av:  Vibrionaceae, Pelagibactereaceae, Flavobacteriaceae och Alterominadaceae. Då analysen av testet inte inkommit ännu från Aquabiomics väntar jag med att skriva något om tolkningen av värdena. Men det kan vara värt att nämna att det på senare tid framförts hypoteser om att vissa arter av "Vibrio" skulle kunna vara knutet till RTN och STN av Acropora koraller. Jag nämner detta då man vid tolkningen av skillnaderna mellan testvärdena och ”normal värdena” också måste vägas in om detta är önskvärt/bra och inte vara gå på att efterlikna en annan mix. Med andra ord detta är ett nytt analysverktyg och vi kommer i takt med att det används i större utsträckning också behöva utveckla tolkningar och metoder för att använda resultaten på bästa sätt.

Edited by OR20
Link to comment
Share on other sites

Efter graferna och den korta sammanställningen av vilka avvikelser som observerats återfinns ett par tabeller över olika grupper. Överst finns de så kallade Ammoniak oxiderande bakterier samt Nitrite oxiderande bakterier. I korthet är detta de bakterier som är inblandade i kvävecykeln. Aquabiomics visar här med färger hur populationen av dessa ser ut färger från grönt till rött. 

 

Ammonia-Oxidizing Microbes

Group Your Frequency Typical Range
Note:
Typical range is between the 10th and 90th
percentiles. High levels (>50th percentile) are
color coded green, intermediate levels (between
10th and 50th percentiles) are coded yellow, and
low levels (< 10th percentile) are coded red.
Total 0 0 - 0.05245
Nitrosococcus 0 0 - 0
Nitrosomonadaceae 0 0 - 0.00147
Nitrososphaeraceae 0 0 - 0
Cenarchaeaceae 0 0 - 0.05098



 

Nitrite-Oxidizing Bacteria

Group Your Frequency Typical Range
Note:
Typical range is between the 10th and 90th
percentiles. High levels (>50th percentile) are
color coded green, intermediate levels (between
10th and 50th percentiles) are coded yellow, and
low levels (< 10th percentile) are coded red.
Total 0 0 - 0.00359
Nitrobacter 0 0 - 0
Nitrococcus 0 0 - 0
Nitrotoga 0 0 - 0
Nitrospinaceae 0 0 - 0
Nitrospiraceae 0 0 - 0.00359
Nitrolancea 0 0 - 0
Your sample showed a healthy nitrifying community with levels similar to a typical reef tank

 

 

 

Efter sammanställningen av hur bakteriepopulationen förknippad med nedbrytningen näringsämnen (kvävecykeln) kommer ett avsnitt med sjukdomar. Detta är indelat i Cyanobakterier, fisksjukdomar som kommer sig av bakterier och korallsjukdomar som kommer sig av bakterier. Även här indikeras status med fem olika färger från grönt till rött. 

 

Cyanobacteria

Group Your Frequency Typical Range
Note:
Typical range is between the 10th and 90th
percentiles. High levels (>90th percentile) are
color coded red, intermediate levels (between
50th and 90th percentiles) are coded yellow, and
low levels (< 50th percentile) are coded green.
Total 0 0 - 2e-04
Acaryochloridaceae 0 0 - 2e-04
Chlorarachniophyceae 0 0 - 0
Cyanobacteriaceae 0 0 - 0
Nostocaceae 0 0 - 0
Oscillatoriaceae 0 0 - 0
Phormidiaceae 0 0 - 0
Prochloraceae 0 0 - 0
Pseudanabaenaceae 0 0 - 0
Rivulariaceae 0 0 - 0
Spirulinaceae 0 0 - 0
Schizotrichaceae 0 0 - 0
Scytonemataceae 0 0 - 0
Synechococcaceae 0 0 - 0
Xenococcaceae 0 0 - 0
Your sample showed little or no evidence of Cyanobacteria.



 

Fish Pathogens

None of the DNA sequences from this sample matched known fish pathogens.
View the full table

 

Coral Pathogens

None of the DNA sequences from this sample matched known coral pathogens.
View the full table
  • Like 1
Link to comment
Share on other sites

Join the conversation

You can post now and register later. If you have an account, sign in now to post with your account.

Guest
Reply to this topic...

×   Pasted as rich text.   Paste as plain text instead

  Only 75 emoji are allowed.

×   Your link has been automatically embedded.   Display as a link instead

×   Your previous content has been restored.   Clear editor

×   You cannot paste images directly. Upload or insert images from URL.

×
×
  • Create New...