Jag tycker du du skall börja med att testa ditt vatten.
Temperatur, salthalt. Sedan kH, kalcium, magnesium, nitrat och fosfat. Nitrat och magnesiumtest åldras ganska snabbt så inga utgångna datum på testerna.
5 - 6 cm sand är inte en djup sandbotten. För att få den anaeroba nedbrytningzonen i sanden så behövs minst dubbla tjockleken. 5-6 cm är bara bra på att samla en massa skit. Jag skulle börja med att ta ut sand så det bara är 1 - 2 cm kvar. Det är säkert en väldig massa skit i sanden så sug ut med en hävert så att det inte rörs upp i karet.
Att det finns så lite smådjur i stenen beror på att du har en mycket låg näringsomsättning i karet. (Om inte fiskarna är uppåt 30 cm).
Det som gör att korallreven inte är täckta av alger är alla betare som håller dem tillbaka. Du behöver mycket mer. En sjöborre brukar vara bra på att ta de långa trådarna.